Відділ висвітлює у хронологічному порядку історію Української греко-католицької церкви.
Серед експонатів відділу – чудотворні і благодатні Богородичні ікони, картини відомого митця Модеста Сосенка, Євангеліє 1780 року з друкарні Почаївського Свято-Успенського монастиря, срібний свічник з гербом і омофор митрополита Андрея Шептицького, палиця патріарха Йосифа Сліпого, особисті речі митрополитів Володимира Стернюка і Василя Величковського та інших священиків, рідкісні фотографії та архівні матеріали, зокрема листи о. Германа Будзинського.
Унікальними пам'ятками відділу є колекція антимінсів, два з яких висвітлюють діяльність двох Митрополитів УГКЦ із родини Шептицьких - Атанасія та Андрея. Антимінс 1720 р. містить благословення Атанасія Шептицького, а на іншому особистий підпис Митрополита Андрея. Особливо цікавим є вишитий антимінс ХХ ст., який є пам'яткою періоду підпільної діяльності УГКЦ. На антимінсах виконані традиційні сцени біблійного сюжету: "Покладення до гробу", "Зняття з хреста". У медальйонах різної форми зображені постаті чотирьох євангелистів - Матвея, Марка, Луки та Івана, а на полях - святі і ангели.
Після 24 лютого 2022 року вся постійна експозиція музею, в тому числі пам’ятки з відділу були демонтовані з вітрин і сховані в надійному сховищі.